当たり前すぎるネタかも知れませんが、普段web版しか使っていなかった私には微妙にハマったネタだったので。
「表示」を選択→
それから、「ノート一覧を表示」をクリック。
以上で表示状態になりました。
ちなみに、画像を見れば分かる通り、F11キーでON/OFFの切り替えが出来ます。
なんか一覧があった方がしっくり来る、といいますか。
いつもweb版で見慣れてるからなんでしょうけどね。
ちなみにノート間の移動はシンプルに↑↓ボタンで出来ます。
（追記：「ノート一覧でページを選択している状態の時は」と書くべきでした。普通に記事を編集している時は、PageUp/PageDownボタンで移動できます。）
文字通り。
killはいいとしてプロセスIDはどう見るんだっけ、と。
killしたいのはデスクトップ上で固まったアプリ。
端末を起動してもただpsだと出てこない。
$ps alx
で出てきた。
目的のジョブぽいものを端末の検索機能で検索して見つける。
プロセスIDをコピーして
$kill ID
で出来た。
ちなみに固まったのはFileZilla。
linux上で動作する、FFFTPみたいなファイル転送ソフトです。
これも固まることがあるんだなぁ、と。
でも、（私の環境では）gFTPよりはまだ安定してるかと思います。
（あくまで私の環境では）兎に角gFTPはすぐフリーズとかしてしまうのですよね……。
という訳で今後も有り難く使わせていただくつもりです。
上記の通り。
最近、タイピングをして急にchromeがズームになることがあって原因がよくわかりませんでした。
で、いろいろ調べた結果、「ctrl-\」と打とうとして、間違えて「ctrl-^」と打ってしまった時にchromeはズームになる、と分かりました。firefoxとかではそういうことは起こらず、chromeのみ。
私は普段、自分で設定したキーバインドで「ctrl-\」を多用している為、そんなことが起こってしまったようです。
でも、そもそもchromeも、公式の設定では拡大は「ctrl-+」、縮小は「ctrl–」らしい。
ただ、自分のキーボードではctrl-+ではchromeは反応しないんですよね。確認してみたところ。
ただし、これはubuntu（12.04）上のchromeのみで、同じキーボードをwindows8に繋いだ時は現象は起こりませんでした。
結局、現状では原因不明です。
普段のキー入力等は特におかしいということは無いのですが。
私の好みで、ctrlとcapsは入れ替え設定にしているのですが、ひょっとしたらそのあたりに何か原因があったりするのかも知れません。
そのうちちゃんと調べたい。
いや、この辺りのお話をご存知の方にはいきなり酷いタイトルなんですが。
知らない方向けにちょっとだけ話せば、GRCh37だとかhg19だとかいうのは、シーケンサーとかで得られたゲノム配列をマッピングとかするときに、マッピングするソフトが参照する見本の配列みたいなものです、って適当な知識で適当なことを語ろうとするとなんかどつぼにはまりそうですね……。
まぁ、何にせよ、いわゆるあちこちで良くやっているようなことと同様に、私も、これらのヒトゲノムのデータファイルをレファレンス配列として、bwaとかで、NGSから出力されたfastqファイルをマッピングする、とかいうこともやっております。
……ですが、恥ずかしい話なのですが、そもそもこのデータベースがどんな風に「出来上がっている」のか、というのを深く考えたことがありませんでした。
いや、サンガーシークエンシングから来てるとかその程度は聞いていましたが、それ以上は考えていなかったとか、そもそもGRCとhgとかがなんで分かれてるのかも考えていなかったとか、今更ながら気づいたというか。
いや、本当にお恥ずかしい。
で、そもそもこれらの正確な由来や現状とかどんな感じなんだろう（比較とかではなくて、そもそも成り立ちとかそういう方向のやつ）、とぐぐって把握しようとしたのですが、なんとなく察したのはちゃんと英文を読まなきゃダメだな、ということで。
GRCの公式ページとかをちゃんと読み込んだりする方が結局は早い気がします。
でもまぁ、そういった勉強は後日として、とりあえず日本語で漁れる情報を漁ってみました。
http://detail.chiebukuro.yahoo.co.jp/qa/question_detail/q1029400045
それは、ヒトゲノムのリファレンスシーケンスというものです。
“GRCh37 reference primary assembly”が、遺伝子の名称を表しているわけではありません。
Genome Reference Consortiumの、humanの、バージョン３７の、
コンピューターで塩基配列を組み上げた(assembly)データセットという意味です。
研究の基軸となるヒトゲノム配列は、精度を上げるべく何度も補正解析が行われています。
なるほど、わかりやすい。
……という訳で、基本的にはこういうものな訳ですが、なにかこういった分かりやすい日本語で解説してくださってるところはないかなぁ、と調べていたわけですが。
……こんな記事に出会いました。
http://www.roche-diagnostics.jp/news/13/03/07.html
ヒトリファレンスゲノム配列について、ギャップクローズに重要な進捗、新規遺伝子の発見
（中略）
【RP11ゲノムとヒトゲノムリファレンス配列について】
2001年に発表されたヒトゲノムプロジェクト（Human Genome Project＝HGP)では、多数の男性と女性ドナーからDNAサンプルを収集し、その中から一部のDNAサンプルのみをDNAリソースとして使用しました。この際ドナー情報は保護されていたため、誰のDNAがシークエンスされたのかはドナーも研究者も知りません。その後品質を考慮して、ヒトゲノムリファレンス配列（現在のGRCh37）のほとんど（〜70％）がHGPおよびゲノムリファレンスコンソーシアム（ the Genome Reference Consortium）により作成され、この際使用されたDNAサンプルはニューヨーク州バッファローの匿名男性ドナー1名由来のBACライブラリー*「RP11」でした。
なるほど！
記事自体もちょっと面白そうなのですが、それはさておき、とりあえずGRCh37がどんな感じなのか一応把握出来ました。日本語で（重要）
……はい、今度もうちょっとちゃんと勉強します。ちゃんと英文ページとかを読んで。
という訳でそれはまた後日の課題。ということでそのうちまた調べて書きたいですね。
このサイトを始めるにあたって、始めてwordpressをインストールして使用開始してみた、という感じだったりします。
という訳で、サイトデザインやら何やらもまだ勉強中、ということで、今日少しいじってみたのでそのあたりをメモとしてまとめておきます。
やったこと：
１、ロリポップの設定を変える
あくまでこれはロリポップでwordpressをインストールする場合に限定のようなのですが、とかく、ロリポップにインストールしたwordpressのCSSをいじるときはどうするのかなー、とか検索していたらたまたまこの記事に行き当たりました。
ロリポップ上のWordPressでスタイルシートの変更が出来ない問題(403エラー)
これまた一時間くらいハマりました。
とのことで、たしかに記事を拝見すると結構時間を喰ってしまいそうなネタだなぁ、と。この記事を拝見したおかげで私は引っかからずにすみました。有難う御座います。
という訳で、ロリポップの管理画面から、
webツール→WAF設定
として、このサイトのWAF設定をオフに。
２、２カラムに変更
WordPressの2013年テーマ、「Twenty Thirteen」を2カラムにレイアウト変更する方法
こちらを参考に、
wordpressの管理画面→外観→ウィジェット
として、横のカラムに表示させたいものを、「メイン副ウィジェットエリア」から「副ウィジェットエリア」にマウスでドラッグして移動。
いらないと思うものは適当に左にドラッグすれば消せました。
３、フォントサイズとかを少し修正
http://worklog.be/archives/2760
こちらを参考に、とりあえず、フォントサイズとかを修正。
ちなみに、そもそもこの作業をやるためにftpでファイルアップロードしなきゃいけないのかなー、ちょっとややこしそうだなー、とびくびくしていたのですが、とりあえず、管理画面から、外観→テーマの編集で普通にCSSを編集する窓を開くことが出来ました。
ちなみに、blockquoteの中身の斜体がちょっと気に入らなくて、これを直す方法ってあるのかなー、と少しだけ調べてみたのですが、こちらは良く分かりませんでした。
https://core.trac.wordpress.org/ticket/24471
In the shot from Twenty Thirteen, it’s still italic just as all the other words are.
……という訳で、なんかこちらで色々とやりとりされていますが、これは似たようなネタとなるのでしょうか。
まぁ、いずれにせよこちらは今後の課題でしょうか。
とかく、そんな感じでwordpress関連で調べたことのまとめでした。
対処法：M-x kill-emacs。
ubuntuの端末越しに、SSHで繋いだサーバー上のファイルをemacsをいじることが多いのですが、c-x c-cでemacsが終了できず困ってました。
そもそもコマンドを受け付けてくれない、という感じで。
結局ぐぐって教わった対処法はM-x kill-emacsでした。
http://detail.chiebukuro.yahoo.co.jp/qa/question_detail/q1275478537
ただ、リンク先とかは基本的にcygwinでのemacsの対処法なので、私の事例の場合、別の対処法がちゃんとあるのかも知れないです。
apt-get install hg ……じゃないらしい、という訳で検索。
結論：
$sudo apt-get install mercurial
以下、調べた過程
そもそもhgって何？
MercurialはPythonで実装されたクロスプラットフォームのソースコード管理システムです。
(中略)
バージョン管理というのは、指定した任意の時点における指定したファイルやディレクトリの内容を「リポジトリ」と呼ばれるデータベースに記録しておくことで、変更の内容をあとから容易に参照できるようにすることです。
恥ずかしながら、リンク先の全文を読んだ時は、なるほど、わからn･･･とかなりかけたのですが、いや、まぁちゃんと読めば一応わかった……と、思います。勉強になります。そういえば、そもそも「リポジトリ」が正確には何なのかも恥ずかしながら理解していなかったもので。
既存のMercurialリポジトリをコピーしてローカルリポジトリを作成する場合は「hg clone」コマンドを実行します。
$ hg clone ＜リポジトリのURL＞
なるほどです。
とりあえずcloneが使いたい。
インストールはどうやるのか。
http://troter.jp/how-to-install-mercurial/
Debian/Ubuntu
apt-getでインストールする事が出来ます。
% apt-get install mercurial
なるほどです。
$sudo apt-get install mercurial と入れてみる。
Reading package lists... Done
Building dependency tree
Reading state information... Done
The following extra packages will be installed:
mercurial-common
Suggested packages:
qct wish kdiff3 kdiff3-qt kompare meld xxdiff tkcvs mgdiff python-mysqldb
python-pygments python-openssl
The following NEW packages will be installed:
mercurial mercurial-common
0 upgraded, 2 newly installed, 0 to remove and 151 not upgraded.
Need to get 2,413 kB of archives.
After this operation, 8,067 kB of additional disk space will be used.
Do you want to continue [Y/n]? y
Get:1 http://ftp.jp.debian.org/debian/ wheezy/main mercurial-common all 2.2.2-3 [2,320 kB]
Get:2 http://ftp.jp.debian.org/debian/ wheezy/main mercurial amd64 2.2.2-3 [93.1 kB]
Fetched 2,413 kB in 1s (1,440 kB/s)
Selecting previously unselected package mercurial-common.
(Reading database ... 164444 files and directories currently installed.)
Unpacking mercurial-common (from .../mercurial-common_2.2.2-3_all.deb) ...
Selecting previously unselected package mercurial.
Unpacking mercurial (from .../mercurial_2.2.2-3_amd64.deb) ...
Processing triggers for man-db ...
Setting up mercurial-common (2.2.2-3) ...
Setting up mercurial (2.2.2-3) ...
$ hg
Mercurial Distributed SCM
basic commands:
add add the specified files on the next commit
(中略)
update update working directory (or switch revisions)
use "hg help" for the full list of commands or "hg -v" for details
出来ました。
linuxを使ってバイオインフォ方面の何やらかんやらをしています。
……といっても、なんというか、基礎知識をろくに充実させないままいきなりこの界隈に首を突っ込むことになってしまいましたので、自分の不勉強さを日々痛感させられています。
極端な話、ファイルの解凍コマンドすら良く分からなくなってしょっちゅうぐぐったりしています。
という訳で、毎回毎回同じようなネタでぐぐるくらいだったら、勉強したことを少しづつでもブログに書き溜めれば自分自身への勉強になるかも、と思ってサイトを立ち上げました。
そんな事情で始めたサイトなもので、バイオインフォというよりも、linuxの初歩の初歩なネタ（あとはwindows関連のネタ）について書いたりすることも多いかと思います。所謂車輪の再発明みたいなネタも多くなったりするかもしれません。
とかくまぁ、そんな他所から見たら初歩的過ぎて恥かしいネタがあったりするかもですが、ああ、また初心者が何かやってるなぁ、てな感じで生暖かく見守って頂けると嬉しいです。
