対処法：M-x kill-emacs。
ubuntuの端末越しに、SSHで繋いだサーバー上のファイルをemacsをいじることが多いのですが、c-x c-cでemacsが終了できず困ってました。
そもそもコマンドを受け付けてくれない、という感じで。
結局ぐぐって教わった対処法はM-x kill-emacsでした。
http://detail.chiebukuro.yahoo.co.jp/qa/question_detail/q1275478537
ただ、リンク先とかは基本的にcygwinでのemacsの対処法なので、私の事例の場合、別の対処法がちゃんとあるのかも知れないです。
